A região onde se localiza a paróquia São Luiz Gonzaga, foi habitada pelos índios Guarani e Kaingan. Hoje restam aproximadamente seis mil deles na reserva de “Xapecó”, nos municípios catarinenses de Abelardo Luz, Entre Rios e Ipuaçu.

No século XIX, os tropeiros tinham nesta região um ponto de parada conhecido como: “As Bandas de Xaxim”. Em 1920, a Empresa Colonizadora Lunardi S/A comprou da Empresa Bertaso Maia & Cia, mil colônias de terra. A partir daí teve início a propaganda para atrair colonos para o povoamento destas terras adquiridas pela empresa. A colonização foi efetivada por imigrantes italianos, em sua grande maioria, mas também com a presença de alemães e poloneses. Esses imigrantes eram casais jovens, católicos e vindos do Rio Grande do Sul.

Em 1921, foi criado o Distrito de “Hercílio Luz” com sede no povoado de Pouso de Xaxim. Em 1929, o nome passou a ser Xaxim, que na língua Tupi Guarani significa: “Terra onde a Água Pinga” ou “Pequena Queda de Água”.
Os frades franciscanos menores visitaram esta região desde 1903, vindos de Palmas (PR) e, posteriormente, de Chapecó (SC), quando lá foi criada uma nova Fraternidade Franciscana. No dia 21 de novembro de l940, em Xaxim, foi criada a Paróquia São Luiz Gonzaga com a presença do bispo Dom Frei Carlos Eduardo de Sabóia Bandeira de Melo, da Prelazia de Palmas (PR).
Esta nova paróquia passou a atender o que hoje são os municípios de Xanxerê, São Domingos, São Lourenço do Oeste, Quilombo, Faxinal dos Guedes, Vargeão e parte de Abelardo Luz. Os frades faziam o atendimento a toda esta região a pé ou no lombo de mulas ou cavalos, único transporte na época.

O padroeiro São Luiz Gonzaga foi escolhido por ser o Patrono da Juventude, visto que a maioria dos casais que haviam migrado para Xaxim eram jovens. Como os recursos eram poucos, os cuidados com a saúde também eram muito difíceis e ao lado dos chás e ervas medicinais a devoção a Nossa Senhora da Saúde se fortaleceu ainda mais e se tornou a co-padroeira paroquial.

Aos 9 de outubro de 1960, rezou a primeira missa em Xaxim o primeiro padre nascido na paróquia São Luiz Gonzaga, Padre Adayr Mário Tedesco, da Diocese de Chapecó (SC). Até nossos dias floresceram mais 32 vocações religiosas e sacerdotais.
Desde 1942, as Irmãs Franciscanas Missionárias de Maria Auxiliadora estão presentes na Paróquia tendo contribuído com relevantes trabalhos na educação e na evangelização.

As Irmãs Franciscanas Catequistas atuaram no município de Lajeado Grande (SC), de 1955 a 1994, na educação e nas pastorais. Em l992, chegaram as Irmãs Franciscanas Bernardinas, que residiram inicialmente em Marema (SC), passando depois para Xaxim, como liberadas para os trabalhos pastorais.

As primeiras organizações da Paróquia foram o Apostolado da Oração, as Filhas de Maria e a Cruzada Eucarística. A partir do Vaticano II, foi marcante a renovação da Catequese, a introdução da Eucaristia nas comunidades com a atuação dos Ministros Extraordinários da Sagrada Eucaristia e organização de equipes de liturgia. A partir de 1976 foram organizados os Grupos de Reflexão.

Cada vez mais intensificou-se a participação dos leigos na busca de um modelo de Igreja Comunidade Eclesial de Base – CEB’s. A Comissão Pastoral da Terra – CPT e o Movimento das Mulheres Agricultoras – MMA tiveram atuação forte na paróquia, neste período pós conciliar. Este jeito de ser Igreja causou algumas tensões e divisões nas comunidades.
No início do novo milênio, reafirmou- se a opção de uma Igreja comprometida com a libertação e a defesa da vida. Os leigos são desafiados a assumir a vocação de evangelizar na própria comunidade, e também em outras realidades, como discípulos (as) e missionários (as). Foram realizadas as Santas Missões Populares, onde 400 lideranças assumiram a missão de evangelizar. Na última assembleia foram definidas as prioridades da paróquia: Formação, Juventude e Compromisso Social.
A paróquia tem hoje 51 comunidades. Está organizada com: Conselho de Pastoral, Equipe Paroquial, Ministros Extraordinários da Palavra e da Eucaristia, da Esperança, Equipes de Liturgia, Grupos de Reflexão, Pastoral do Batismo, Catequese, Catecumenato Crismal, Pastoral Vocacional, Pastoral da Saúde, Pastoral da Criança, Pastoral da Juventude, Apostolado da Oração, Capelinhas, Pastoral da Família, Renovação Carismática, agentes de pastoral liberados e voluntários.